La procédure d'affectation des enseignants stagiaires, contractuels et fonctionnaires dans un établissement privé sous contrat est extraordinairement complexe et opaque tant les enjeux de personnes et de pouvoirs s'entremêlent.
Alors que, simplement, un directeur doit se prononcer sur une proposition d'affectation par le Recteur ou le DASEN, les organisations confessionnelles ont tissé un maillage opaque qui se traduit par des difficultés à obtenir une affectation définitive à temps complet, à muter d'une académie à une autre.